Уже в базе VW Eos предусмотрены системы ABS, ASR, EDS и MSR активные подголовники, передние и верхние боковые подушки безопасности. Для оптимальной защиты водителя и переднего пассажира в новом Eos помимо фронтальных подушек безопасности использована комбинированная система боковых и верхних подушек безопасности. По желанию фронтальную подушку безопасности переднего пассажира можно отключить при помощи простой рукоятки.

При движении автомобиля вещи в багажном отделении могут самопроизвольно перемещаться. Во избежание этого новый Eos имеет съемную крышку для багажа. Вместе с предупредительными сигналами на многофункциональном дисплее она гарантирует, что ни крыша, ни багаж не будут повреждены вследствие неправильной загрузки. Для оптимальной безопасности здесь применяется конструкция в виде жесткой оболочки.

Высшую степень безопасности автомобиля обеспечивает наличие биксеноновых фар ближнего и дальнего света. Динамическая система адаптивного освещения отслеживает любые изменения направления движения и обеспечивает оптимальное освещение дороги. Благодаря статическому освещению поворотов лучше видны изгибы дороги. Система включает в себя динамическую коррекцию угла наклона фар и контрольную лампу указателя уровня жидкости в бачке омывателя.