При проектировании структуры кузова Volkswagen Phaeton преследовалась цель обеспечить самые лучшие показатели по трем основным параметрам: по вибрации, по комфортности движения и по всем аспектам пассивной безопасности.
От показателей статической жесткости кузова зависят ходовые качества автомобиля и работоспособность навесных деталей и узлов. Именно в этом показателе Volkswagen Phaeton имеет наивысший показатель среди автомобилей класса люкс.
Хотя максимальная скорость машины ограничена 250 км/ч, все узлы Phaeton рассчитаны на предельную скорость 300 км/ч. Это, в частности значит, что двери, капот и крышка багажника из легкого металла не будут вибрировать даже на этой теоретически возможной скорости.
Для изготовления кузова используются разные материалы - сталь, легкий металл и пластик.
Капот, крышка багажника и четыре двери Phaeton полностью изготовлены из легкого металла, за счет этого снижен вес автомобиля. Снижение веса и качество материала - критерии объясняющие использования пластика для обоих передних крыльев и гнезда для запасного колеса автомобиля. Крылья переменной толщины от 2,7 до 3,4 мм не только дают экономию веса на 20 %, а и снижают последствия незначительных ударов, которые возможны при парковке. Гнездо для запасного колеса из пластика тоже на 5 кг легче по сравнению с такой же деталью из стали.
Стальные детали Phaeton изготовлены из высокопрочных сплавов. Благодаря оптимальному использованию материалов обеспечивается максимальная прочность кузова. Все детали, выполненные из стали оцинкованы, тем самым они оптимально защищены от коррозии. В результате покупателю гарантируется длительный срок службы автомобиля и не менее длительное сохранение его стоимости.
Стекла
Volkswagen Phaeton серийно комплектуется небьющимися, тепло- и звукоизолирующими стеклами. Двухслойный триплекс зеленоватого оттенка, имеет хорошие теплоизолирующие свойства, и эффективно гасит внешние шумы. Высокая прочность стекол Phaeton предохраняет автомобиль от взлома.
За дополнительную цену стекла автомобиля Volkswagen Phaeton могут комплектоваться специальной пленкой голубого цвета, которая обеспечивает дополнительную защиту салона автомобиля от инфракрасного излучения.
Еще одна дополнительная опция Phaeton - ветровое стекло с невидимыми нагревательными проводами, которые обеспечивают его эффективный обогрев даже при температуре -40 °С (благодаря ему стекло даже при столь низкой температуре за 6 минут освобождается от льда).